পরমাণু ও ন্যানো পার্টিকেলের মধ্যে পার্থক্য নিচে দেওয়া হলোঃ
১. পরমাণু মৌলিক পদার্থের ক্ষুদ্রতম কণিকা অপরদিকে ন্যানো পার্টিকেল শূন্যমাত্রিক অনিয়তাকার বা অর্ধস্ফটিক আকারের পদার্থ।
২. পরমাণু আকার নির্ভর নয় অপরদিকে ন্যানোপার্টিক্যাল আকার নির্ভর (1 থেকে 100 nm এর মধ্যে)।
৩. পরমাণু নিষ্ক্রিয় হতে পারে কিন্তু ন্যানো কণার সক্রিয়তা সাধারণ পদার্থের তুলনায় অনেক বেশি।